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Mit Hilfe von md5deep lassen sich MD5, SHA1 oder SHA256 Hash-Summen rekursiv über Unterverzeichnisse hinweg bilden. Im FreeBSD-Portbaum findet man md5deep unter security/md5deep:

# cd /usr/ports/security/md5deep && make install clean

Durch die -r Option können nun die Summen rekursiv gebildet werden. Im folgenden Beispiel werden SHA256-Hashes aller Dateien im Firefox-Port gebildet:

# sha256deep -r firefox
16d62baa2c5421dd1e5b0e69f5463d37d6649f2fcb877eab993a88c6068d4b85  /usr/ports/www/firefox/distinfo
94a0e48f550430c43cb33350a8bc9e4608c188d656248d47919cc53f9b8ecce3  /usr/ports/www/firefox/pkg-descr
442d4dd78c3b7e71de9c1d8eff6bd8c61e61171e8284ab7ab9018ed0587e8a0b  /usr/ports/www/firefox/pkg-message
01f57057a4b751c6eb621c1752f7615298a3e93680f2330202edd974ac9ff221  /usr/ports/www/firefox/Makefile.webplugins
67fcfc4a3a747b4691c827de5b41d3a07bf0271e98c3e664eedd122cf7b01175  /usr/ports/www/firefox/Makefile
47c4535c1dd2a4493d0472d77694796aae9c2f810b7bcba4d6366040b5647bde  /usr/ports/www/firefox/files/mozconfig-profile_guided_optimization.in
80c35a414410ac90aa5b60c99ca40cb6a9505fac5cbadfcc5a9e3384415a0211  /usr/ports/www/firefox/files/firefox.desktop.in
0c1ec3878223dce2363a3aa160ac8f26d9969912ffc53e399fe2c7e2d79528b8  /usr/ports/www/firefox/files/patch-browser-app-Makefile.in
[...]

Weiter lassen sich mit md5deep die Summen mit einer Datei vergleichen. Mit der -m Option wird eine Datei angegeben in der Hashes gespeichert sind und md5deep gibt nun gefundenen Dateien aus, welche mit den Checksummen in der Datei übereinstimmen.

# cat checksum
80c35a414410ac90aa5b60c99ca40cb6a9505fac5cbadfcc5a9e3384415a0211  /usr/ports/www/firefox/files/firefox.desktop.in
# sha256deep -r -m checksum firefox
/usr/ports/www/firefox/files/firefox.desktop.in

Umgekehrt gibt die -x Option die Dateien aus, welche nicht mit den Checksummen der Datei übereinstimmen.

Mehr Informationen zu md5deep findet man in der Manpage md5deep(1).